池田理化オンラインカタログ

WET&DRY受託解析
RNA-seq解析 / シングルセルRNA-seq解析

アメリエフ

報告書イメージ:RNA-seq解析-1

報告書イメージ:RNA-seq解析-2

報告書イメージ:RNA-seq解析-3

報告書イメージ:シングルセルRNA-seq解析-1

報告書イメージ:シングルセルRNA-seq解析-2

シーケンスから論文作成には欠かせないデータ解析まで込み
丁寧な解析手法と解析結果のご説明で、結果の解釈を支援
アメリエフのWET&DRY受託解析サービスは、キックオフミーティングで解析プラン提案、中間報告での解析方針や条件のディスカッション、最終報告で解析結果や図表の丁寧な説明等、web会議による顧客接点を重視する点が最大の特徴です。
アフターフォローとして自動化・システム化提案等も提供します。

【受託解析メニュー】
  • RNA-seq解析
  • シングルセルRNA-seq解析

特長

  • 実験と解析をワンパッケージでご提供
  • 研究目的にあった解析手法を選択し解析プランを組み立て
  • 解析内容と解析結果を丁寧に説明し、仮説検証に貢献します
    
サービス名 RNA-seq解析 シングルセルRNA-seq解析
価格 お問い合わせください
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お問い合わせ

■RNA-seq解析
シーケンス ・ライブラリ調製
・Illumina社 NovaSeq6000による(PolyA 4Gb/13.3Mペアエンドリード、non stranded RNA-seq)シーケンシング
※4Gbを超える場合やstrand specific RNA-seqをご希望の場合はお問い合わせください
バイオインフォマティクス解析 ・解析レポート、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
・発現定量解析:マッピング、 発現定量、階層的クラスタリング (ヒートマップ描画)、 主成分分析
・二群間の発現量比較解析:Volcano plot

※サンプル数によって対応可能な組み合わせ数が異なりますのでご相談ください
・エンリッチメント解析:Gene Ontology解析、パスウェイ解析 (Reactome)
サンプル サンプルタイプ:total RNA
・総量:200ng以上
・液量:10µL以上
・濃度:20ng/µL以上
・RIN値:4.0以上with flat base line
・純度:OD260/280= 1.8~2.2、OD260/230≥1.8(no degradation, no contamination)

■シングルセルRNA-seq解析
シーケンス ・10x Genomics社 Chromiumによるライブラリー調製
・Illumina社 NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング
・Cell Rangerによる発現定量
バイオインフォマティクス解析 ・解析レポート、中間報告および最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)

<研究の目的に応じて下記より提案>
・発現変動遺伝子の群間比較解析:細胞クラスターごとの特徴遺伝子検討、サンプル間発現比較解析、
                                               GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析
・細胞分化に関わる発現変動遺伝子解析:疑似系譜解析(Cell trajectoryの推定)
サンプル サンプルタイプ:細胞
・サンプルの状態:凍結保存(セルバンカー等で凍結)
・細胞数:106細胞以上
・細胞サイズ:直径30μm以下(40μmでフィルタリング、分散もしくは単離状態)
・細胞生存率:融解後の生存率90%以上を推奨
・その他:EDTA0.1mM以下、マグネシウム3mM以下、界面活性剤は含まないこと

※ヒトおよびマウス以外の生物種をご希望の場合は、お問い合わせください
※納品にかかる費用(クラウドまたはHDD)を別途頂戴します
※シングルセル遺伝子発現解析は、機器を持ち込んでの出張サービスも承っております(別途、出張費用発生)
 また、サンプルを持ち込んで頂いてのご利用も可能ですので、詳細はお問い合わせください

※価格及び製品仕様は予告なく変更されることがあります。
※価格に消費税は含まれておりません。
※日本国内への販売に限らせていただきます。また、製品によっては、当社から直接販売ができない地域がございます。
※会社名及び製品名は各社の商標または登録商標です。
※製品の設置状況や付加機能を分かりやすく表現するため、製品に含まれない商品をあわせて掲載している場合があります。
※表示金額以外に運送費、荷造費、搬入・据付費、組立設置費などを別途加算させていただくことがございます。

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